V obci Velehrad se vyskytovaly a vyskytují povodně.
Území katastru obce Velehrad je ohrožováno povodněmi z místního toku Salašky. Rozsáhlé svodné území jižních svahů Chřibů je charakteristické rychlým náběhem povodní z letních přívalových dešťů, hor, které se svažují do Dolnomoravského úvalu nížinné zvlněné roviny Staroměstska. Obec je ohrožována také jarním táním sněhové pokrývky doprovázenou srážkami.
Velehrad byl častěji postižen průtrží mračen, nežli požárem, a s ní spojenou záplavou. Největší z nich byla v roce 1906, kdy si vzala i 2 lidské životy.
Další menší povodeň nastala dne 21. 6. 1954. Salaška se rozvodnila a na Salaši způsobila mnoho škod. Na Velehradě se voda rozlila do polí, na hřiště, na zahrádky a louky. Voda byla ve výši 2,80 m. O měsíc později se při vydatných deštích Salaška opět rozvodnila a stoupla do výše 2 m a opět zaplavila louky a pole při potoku.
Dne 3. 7. 1981 záplavy postihly i Velehrad a byly způsobeny škody jak na pozemcích JZD a občanů, tak na zahradách a komunikacích. Bahnem byla zaplavena zahrádkářská osada ČZS v Kotli „U splávku“ a také v nádvoří u Baziliky i kolem ní se vytvořila 40 cm vrstva bahna, která musela být vzhledem k nadcházející pouti v ranních hodinách odstraňována.
Povodňová situace vznikla v obci Salaš a Velehrad i dne 19. 5. 1987, kdy po bouři došlo k náhlému zvednutí toku Salašky, což vedlo k lokálnímu vybřežení hlavního toku Salašky v obcích Velehrad a Salaš, a tím ke vzniku naplaveniny. K vážnějším škodám nedošlo. Avšak dne 22. 5. 1987 byl po nočním dešti vyhlášen Ⅲ. SPA. Občanům v období povodně byla nařízena pracovní povinnost. Při povodni vznikly škody na majetku, porostech a pozemcích občanů a socialistických organizací, škody na zařízení MNV a na vlastním zaříze- ní toku.
V důsledku vydatných srážek trvajících několik hodin, došlo v nočních hodinách z 8. 6. na 9. 6. 1990 opět k vybřežení toku Salašky v obcích Salaš a Velehrad. Na Velehradě se potok vylil v zahradách Buchlovské ulice až po Lancouchův dům, u něhož byla zaplavena zahrada a suterén domu. Největší škoda na Velehradě byla způsobena tím, že voda prohloubila v délce cca 50 m ochrannou zeď kláštera (Vincentina) u Háje.
Obr. 16 Povodeň v roce 1942 [11]
1938 – Úprava opěrné zdi u potoka Salašky v Buchlovské ulici v délce 30 m, úprava i bře- hu.
1939 – Částečná úprava potoka a rekonstrukce stavidel.
1941 – Oprava opěrné zdi potoka, oprava povodní poškozeného mostu v Rákoši.
1946 – Nově postaven most na konci Buchlovské ulice, oprava toku Salašky (poškozen kopáním protitankového zákopu).
1949 – Úprava toku v úseku od hotelu Velehrad po most u kaple Sv. Jana (zvětšen oblouk u hotelu), zboření starého mostu a vystavení nového betonového mostu a vybetonování stěn koryta.
1951 – Výstavba lávky přes Salašku.
1965 – Úprava toku, položení kanalizace v délce 600 m a pořízení místního rozhlasu. 1968 – Rozšíření vodovodů do Buchlovské ulice.
1975 – Vybudování kanalizace v celé obci Velehrad, výstavba mostu v Buchlovské ulici. 1978 – Vydání kanalizačního řádu.
1986 – Výstavba kanalizačního sběrače a samostatné čističky odpadních vod.
2008 - Výstavba poldru. 4,5 ha zátopová plocha poldru s téměř 0,5 km dlouhou a 3,5 m vysokou hrází by měla v případě povodně akumulovat až 50 000 m3 vody a před hrozící povodňovou vlnou ochránit zejména Staré Město.
2011 - Rekonstrukce barokního mostu přes potok Salašku. Zde bylo investorem Ředitelství silnic Zlínského kraje. Obec Velehrad intenzivně urgovala opravu tohoto barokního skvostu řadu let (první zápis o nutnosti opravy byl nalezen v archivu OÚ z roku 1992!)
2012 – Výstavba šesti nových menších retenčních vodních staveb v lese zvaném Rákoš. To by mělo zamezit průniku vody do obce po přívalových deštích.
2015 - Rekonstrukce čerpací stanice odpadních vod (ČOV) na břehu Salašky u sklepa. Jednalo se o výměnu celé technologie čerpání a úpravu opěrných zdí a dalších stavebních prvků.
2016 – Obec čekají investice do oprav mostů přes Salašku mezi Velehradem a Salašem.
2020 - Vybudování několika nových mokřadů v linii Konventního rybníku podél cyklostezky